২০০০ সালের ২৪ ফেব্রুয়ারী তথ্য মতে আয়তন ও জনসংখ্যার দিক থেকে মুজিবনগর উপজেলা মেহেরপুর জেলায় অবস্থিত সবচেয়ে ছোট উপজেলা। এর নামকরণের সঠিক ইতিহাস জনা নেই। তবে ১৯৭১ সনে মুক্তিযুদ্ধের সময় প্রসিদ্ধ বৈদ্যনাথতলা আম্রকাননে বাংলাদেশের অস্থায়ী সরকারের হেডকোয়াটার্স স্থাপিত হয় এবং ১৭ এপ্রিল এ স্থানেই অস্থায়ী সরকারের মন্ত্রী পরিষদ শপথ গ্রহণ করে। জতির জনক বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে অস্থায়ী সরকারের প্রথম রাষ্ট্রপতি ঘোষনা করা হয়। ফলে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর নামের সাথে মিল রেখে এ স্থানের নামকরণ হয় মুজিবনগর।